Esta primera etapa abarca la existencia de la Universidad bajo su primera estructura institucional vigente a partir del Reglamento Orgánico aprobado por el decreto del 2 de octubre de 1849 basado en el modelo de Universidad napoleónica que comprendía la totalidad de la instrucción pública: primaria, secundaria y superior. El año lectivo de 1850 comienza con sesenta estudiantes inscriptos.
En 1861 se crea la cátedra de Economía Política, a través de la cual se canalizó, en los años '70, la definición mayoritaria de la comunidad universitaria a favor de los principios civilistas y liberales.
En 1865 se crean las cátedras de Procedimiento Judicial e Historia Universal y en 1869 la de Derecho Constitucional.
En este período se da el primer enfrentamiento directo entre la Universidad y el gobierno. El 30 de marzo de 1864 el gobierno comunica a la Universidad que se creó una comisión para proyectar y proponer al Poder Ejecutivo cambios en la Instrucción Pública.
La Universidad convoca inmediatamente al Consejo Universitario el cual se disuelve debido a la renuncia de todos sus miembros quienes declaran violada la autonomía universitaria.
Es la época de la guerra civil comenzada en 1863 que finaliza el 20 de febrero de 1865 cuando el Gral. Venancio Flores entra en Montevideo. El 22 de marzo el Consejo Universitario se restituye y celebra su primera reunión después de su auto-disolución.
En 1876 se funda la Facultad de Medicina con las cátedras de Anatomía y Fisiología a las cuales se agrega, en 1877, la de Patología General. La Facultad de Medicina mantuvo un fuerte enfrentamiento con la Comisión de Caridad del actual Hospital Maciel hasta 1890.
En 1877 el Gobierno del Coronel Lorenzo Latorre promulga la Ley de Educación Común, propuesta por José Pedro Varela, la cual deja fuera del ámbito universitario a la enseñanza primaria.
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En 1881 el Rector Alfredo Vázquez Acevedo presenta una reforma del reglamento de estudios que enfrenta al Consejo Universitario con el Ministro de Gobierno, debido fundamentalmente, a que este último consideraba que el proyecto atacaba el derecho individual presente en la ley de enseñanza libre.
Nuevos enfrentamientos se dan a partir de 1882 cuando el gobierno invita a la Universidad a asociarse a un proyecto de reforma por el cual desaparecería su autonomía y su independencia.
Si bien este reglamento finalmente no es aprobado por el Parlamento, produce una respuesta de la Universidad dirigida por el Rector José Pedro Ramírez, quien presenta un informe a la Sala de Doctores en 1883 indicando que sus ventajas (reorganización de la Universidad y construcción de un nuevo edificio) no son suficientes frente a sus importantes desventajas: dependencia del Ministerio de Gobierno primero y del de Instrucción Pública más tarde, supresión de la Sala de Doctores y elección de los miembros del Consejo Universitario por el gobierno.
El 15 de octubre de 1884 el gobierno decreta la intervención de la Universidad destituyendo a sus autoridades. El Presidente, Gral. Máximo Santos, ofrece el rectorado nuevamente a Vázquez Acevedo quien acepta luego de llegar a un acuerdo con el Presidente sobre un estatuto nuevo, cambio de local, presupuesto para bibliotecas y otras mejoras.
La reforma del estatuto universitario lograda en esta oportunidad restringe su autonomía. A partir de ahora el Consejo Universitario pasa de tener 40 miembros a siete: el rector, tres decanos (el de Secundaria, el de Derecho y el de Medicina) y tres vocales designados por la Sala de Doctores. En la Sala de Doctores ya no estarán presentes los estudiantes que la integraban desde 1878. Entre lo positivo de la reforma está la creación de decanatos y la mudanza de la Universidad del viejo edificio de Maciel y Sarandí a Uruguay entre Río Branco y Convención.
Se da en esta etapa una importante discusión filosófica a la interna de la Universidad entre la tendencia espiritualista que había gobernado la Universidad durante sus dos primeras décadas y la nueva corriente positivista que terminó conquistando la Universidad.
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(1) La Reforma Escolar, como proceso, se inició a finales de 1868. En esa fecha, José P. Varela, junto a un grupo de jóvenes intelectuales, crearon la "Sociedad de Amigos de la Educación Popular" (SAEP) dirigida a promover la reforma de las escuelas, inspirados en las doctrinas estadounidenses y argentinas (Horacio Mann y Domingo F. Sarmiento). Luego de un período de experiencias privadas, con la creación de una escuela modelo -la "Elbio Fernández"- la edición de obras pedagógicas, el dictado de cursos para maestros, etc., José P. Varela tendrá la oportunidad de llevar a la práctica esas ideas en el sistema público. El gobierno de facto del Cnel. Latorre, a propuesta de su ministro J. Ma. Montero -amigo de Varela- designó a éste para un importante cargo educacional, lo que le permitió elaborar un proyecto de Ley de Educación que incluía no sólo la gratuidad de la enseñanza primaria -algo ya conocido y practicado- sino también la obligatoriedad de la asistencia, limitaciones severas a la enseñanza religiosa (bastaba la oposición de un solo padre para que ella no se impartiese en el aula) y una alta participación popular en la administración y orientación de la escuela pública: los padres, a través de las Comisiones de Distrito Escolar elegían indirectamente al Inspector Nacional de Instrucción Primaria. El gobierno, en 1877 promulgó la ley, pero modificando el proyecto original y aceptando solamente la gratuidad y obligatoriedad; estableció, en cambio, la enseñanza religiosa -con escasa limitación- y un sistema de gobierno escolar ultracentralizado. (
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